Fox Mulder'ın geçen yıl nerede olduğunu bilmedikten sonra A.D. Skinner ve Ajan Scully, öldüremeyeceği bir askeri adamı öldürmekten tutuklandığını öğrenir: Hükümetin gizli süper askerlerinden Knowle Rohrer. Skinner, Mulder'ın savunması olarak hareket ederken, Mulder'ın FBI ajanı olarak son dokuz yıl boyunca uğraştığı kişiler onun adına tanıklık eder. Ancak askeri mahkeme gerçekle ilgilenmiyor.